Tháng 5/1974, tại Chiến khu D miền Đông Nam Bộ đã tổ chức các lớp huấn luyện cán bộ đầu tiên, đây là cơ sở cho việc hình thành Trường Cán bộ chính quyền miền Nam sau này.

Ngày 11/02/1975, tại Quyết định số 01/QĐ-75 của Chủ tịch Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam đã thành lập Trường cán bộ chính quyền Miền Nam, tiền thân của Phân viện Học viện Hành chính Quốc gia tại Thành phố Hồ Chí Minh ngày nay.

Ngày 30/08/1977, tại Quyết định số 231/CP của Hội đồng Chính phủ chuyển Trường Hành chính Trung ương từ Ban Tổ chức của Chính phủ sang trực thuộc Phủ Thủ tướng, trong đó có Phân hiệu tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Ngày 30/08/1977, tại Quyết định số 231/CP của Hội đồng Chính phủ chuyển Trường Hành chính Trung ương từ Ban Tổ chức của Chính phủ sang trực thuộc Phủ Thủ tướng, trong đó có Phân hiệu tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Ngày 12/5/1980, tại Quyết định số 142/CP Hội đồng Chính phủ đã sát nhập Trường Hành chính Trung ương và Trường Kinh tế Trung ương thành Trường Hành chính và Kinh tế Trung ương.

Ngày 08/6/1981, tại Quyết định số 233/CP Hội đồng Chính phủ đã tách Trường Hành chính và Kinh tế Trung ương thành 2 trường: Trường Hành chính Trung ương và Trường Quản lý Kinh tế Trung ương.

Ngày 01/11/1990, tại Quyết định số 381/CT của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng, Trường Hành chính Trung ương được đổi tên thành Trường Hành chính Quốc gia, trong đó có cơ sở tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Ngày 06/07/1992, tại Nghị định số 253-HĐBT của Hội đồng Bộ trưởng, Trường Hành chính Quốc gia được đổi tên thành Học viện Hành chính Quốc gia, trong đó có cơ sở tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Ngày 07/05/2007, tại Quyết định số 60-QĐ/TW của Bộ Chính trị đã hợp nhất Học viện Hành chính Quốc gia với Học viện Chính trị Quốc gia Hồ Chí Minh thành Học viện Chính trị - Hành chính Quốc gia Hồ Chí Minh và Học viện Hành chính Quốc gia đổi tên thành Học viện Hành chính, trong đó có cơ sở tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Ngày 10/12/2013, Chính phủ đã ban hành Nghị quyết số 121/NQ-CP chuyển Học viện Hành chính từ Học viện Chính trị - Hành chính Quốc gia Hồ Chí Minh về Bộ Nội vụ và gọi tên là Học viện Hành chính Quốc gia.

Ngày 23/01/2018, tại Quyết định số 05/2018/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Học viện Hành chính Quốc gia Học viện Hành chính Quốc gia cơ sở tại Thành phố Hồ Chí Minh được đổi tên thành Phân viện Học viện Hành chính Quốc gia tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Ngày 19/12/2022, tại Quyết định số 27/2022/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Học viện Hành chính Quốc gia trực thuộc Bộ Nội vụ đã sáp nhập Trường Đại học Nội vụ Hà Nội vào Học viện Hành chính Quốc gia, trong đó có Phân viện Học viện Hành chính Quốc gia tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Ngày 05/4/2024, tại Quyết định số 06/2024/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Quyết định số 27/2022/QĐ-TTg quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Học viện Hành chính Quốc gia trực thuộc Bộ Nội vụ, Phân viện Học viện Hành chính Quốc gia tại Thành phố Hồ Chí Minh được đổi tên thành Phân hiệu Học viện Hành chính Quốc gia tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Năm 2025, sau khi Học viện Hành chính Quốc gia sát nhập vào Học viện Chính trị quốc gia Hồ Chí Minh trở thành Học viện Hành chính và Quản trị công, Phân hiệu Học viện Hành chính và Quản trị công tại Thành phố Hồ Chí Minh được thành lập theo Quyết định số 55-QĐ/HVCTQG ngày 08/01/2025 của Học viện Chính trị quốc gia Hồ Chí Minh về chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức của Học viện Hành chính và Quản trị công và Quyết định số 346-QĐ/HVHC&QTC ngày 14/3/2025 của Giám đốc Học viện Hành chính và Quản trị công ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của Phân hiệu Học viện Hành chính và Quản trị công tại Thành phố Hồ Chí Minh.